# Секвенирование прямой РНК на нанопорах Чтение нативных молекул РНК по одной нити через белковую нанопору — без обратной транскрипции, без искажения амплификацией, с видимыми в сыром токе модификациями оснований. Две леджер-строки; слой сервисов секвенирования — у соседней страницы. Source: https://bioecon.ru/technology/nanopore-direct-rna-sequencing/ Updated: 2026-09-22 ## Обзор и цепочка ценности Markers: [EC: RUO boundary for native-RNA transcriptomics; IVD edge marked by GridION Dx CE-IVD/UKCA | OECD: Genomics & bioinformatics | Regulator: FDA (USA), EMA (EU)] Секвенирование прямой РНК читает молекулу РНК так, как она существует в клетке: нативная нить проходит сквозь белковую нанопору, каждое основание возмущает ионный ток, и токовая кривая декодируется в последовательность. Поскольку молекула никогда не переписывается в кДНК обратной транскрипцией и никогда не амплифицируется, из измерения исчезают оба искажения, формирующие большую часть транскриптомики, — смещение обратной транскрипции, недо- и переоценивающее транскрипты, и ПЦР-амплификация, стирающая химическую запись. Эта химическая запись — отличительный выход платформы: модификации оснований класса m6A оставляют характерные сигнатуры в токе, поэтому картирование модификаций идёт по тому же прочтению, что даёт последовательность, а не по отдельной химии. Леджер-свидетельство корпуса соединяет владельца химии с развёртыванием. Oxford Nanopore владеет платформенным концом: британская листингованная компания (LSE: ONT) держит производство на кампусе Harwell в Дидкоте и площадке Spectrum в Абингдоне, выпускает более миллиона проточных ячеек в год, производит под ISO 13485 и маркирует конфигурацию GridION Dx знаками CE-IVD и UKCA — регулируемый край химии, ориентированной на исследования. Genoscope владеет концом развёртывания: французский национальный центр секвенирования гоняет нанопоры для мониторинга метагеномов океана и почв в реальном времени, со сборкой nanoMDBG как опубликованным инструментом и программой ATLASea на €41,3 млн (2024) как мандатом по морским геномам. Граница с соседними страницами: long-read-sequencing-services держит сервисный слой и строку длинных прочтений ДНК PromethION; spatial-transcriptomics держит геометрию измерения; bioinformatics-multi-omics — нижележащий анализ. Эта страница владеет самой химией нативной РНК. Ключевые направления секвенирования прямой РНК на нанопорах: 1. **Нативная химия РНК (без конверсии):** нить читается как РНК, поэтому смещение обратной транскрипции и искажение амплификацией никогда не входят в измерение. 2. **Прочтения, видящие модификации (химия как сигнал):** модификации оснований класса m6A видны в сыром ионном токе — картирование модификаций является свойством прочтения, а не отдельным анализом. 3. **Экологический мониторинг в реальном времени (нанопоры в поле):** мониторинг метагеномов океана и почв Genoscope со сборкой nanoMDBG ведёт секвенирование как живой инструмент, а не пакетную услугу. 4. **Изоформ-разрешённая транскриптомика (полные нити):** полные прочтения нити разрешают изоформы напрямую; адаптивный отбор с учётом штрихкодов и обновлённый набор кДНК-ПЦР расширяют транскриптомный охват платформы. ### Секторная цепочка ценности ``` [образец нативной РНК] ──> [подготовка библиотеки] ──> [проточная ячейка] │ (живое базколирование, модификации) ▼ [мониторинг / транскриптомика] <── [анализ в реальном времени] <── [токовые прочтения] ``` ### Уровни цепочки ценности | Уровень | Описание | Ключевые входы/выходы | |:---|:---|:---| | **Нативная экстракция** | неповреждённая РНК без деградации | **Вход:** биологический образец. **Выход:** полноразмерная РНК. | | **Подготовка библиотеки** | адаптеры лигируются к нативным нитям | **Вход:** неповреждённая РНК. **Выход:** библиотека к секвенированию. | | **Транслокация через пору** | нити проходят сквозь белковые поры | **Вход:** библиотека. **Выход:** ионно-токовые кривые. | | **Живое базколирование** | ток декодируется в последовательность и модификации | **Вход:** токовые кривые. **Выход:** прочтения с модификациями. | | **Анализ в реальном времени** | сборка и мониторинг во время секвенирования | **Вход:** прочтения. **Выход:** геномы, карты модификаций, оповещения. | | **Развёрнутый инсайт** | транскриптомика или экологический мониторинг | **Вход:** анализ. **Выход:** биологические и операционные решения. | Сквозные технологии сектора: - **Адаптивный отбор (выборочное чтение):** платформа отвергает или удерживает молекулы прямо в ходе прочтения, направляя мощность на интересующие мишени. - **Конвейеры метагеномной сборки (сборка полевого класса):** сборщики класса nanoMDBG превращают шумные метагеномные прочтения в пригодные геномы в условиях мониторинга. - **Комплаенс диагностического устройства (регулируемый край):** маркировка GridION Dx знаками CE-IVD и UKCA отделяет исследовательскую химию от регулируемого диагностического устройства. --- ## США В леджер-записи прямой РНК нет американских строк, поэтому раздел фиксирует структурную рамку, а не заявления вендоров. ### Химия для исследований, граница IVD, пробел в американских строках - **Рамка RUO:** транскриптомика нативной РНК ведётся как исследовательская химия; граница «исследования/диагностика» FDA — то, что пришлось бы пересечь клиническому заявлению. - **Леджер-пробел:** прослеженных американских досье развёртываний прямой РНК пока нет — цель экранной волны. - **Заметка о владении:** компания платформы листингована в Лондоне (LSE: ONT); присутствие на рынке США в леджер-свидетельствах не отражено. --- ## КНР Китай появляется в леджер-свидетельствах как оборудование внутри европейского развёртывания, а не как строка прямой РНК. ### Платформы КНР в парке, без леджер-глубины по прямой РНК - **MGI DNBSEQ-G400 в парке:** флот секвенаторов Genoscope соединяет поры Oxford Nanopore с короткочитающими платформами Illumina и MGI — платформа китайского производства внутри прослеженного развёртывания. - **Леджер-пробел:** прослеженных китайских досье прямой РНК пока нет — цель экранной волны. --- ## ЕС Европа несёт оба конца прослеженной цепочки: британского владельца химии и французское национальное развёртывание. ### Производство в Великобритании, мониторинг во Франции, регулируемый край - **Oxford Nanopore (Оксфорд, Великобритания):** 1 314 сотрудников; производство на кампусе Harwell (Дидкот) и площадке Spectrum (Абингдон); более миллиона проточных ячеек в год; производство под ISO 13485; GridION Dx с маркировкой CE-IVD и UKCA. - **Genoscope (Эври-Куркурон, Франция):** национальный центр секвенирования в биокластере Genopole; мониторинг метагеномов океана и почв в реальном времени на порах MinION, GridION и PromethION; сборка nanoMDBG; грант ATLASea на €41,3 млн (2024) под зонтиком CEA, France Génomique и ANR; кластер на 1 700 ядер с хранилищем 1,5 ПБ. --- ## Ведущие компании и исследовательские институты | Компания / институт | Страна | Ключевые продукты / платформы | Технологические особенности | Статус 2026 | |:---|:---|:---|:---|:---| | **Oxford Nanopore** | 🇬🇧 Великобритания | *Химия прямой РНК на нанопорах; PromethION/MinION/GridION* | 1 314 сотрудников; >1 млн ячеек/год; ISO 13485; GridION Dx CE-IVD/UKCA; адаптивный отбор | Коммерческий | | **Genoscope** | 🇫🇷 Франция | *Мониторинг метагеномов в реальном времени (nanoMDBG)* | Флот MinION/GridION/PromethION; ATLASea €41,3 млн; кластер 1 700 ядер | Исследовательский | --- ## Технологический стек и инновации Стек ведёт от одного целого образца РНК к одному развёрнутому инсайту — и каждый этап существует, чтобы сохранить молекулу нативной. 1. **Нативная химия (читать то, что есть):** - нить никогда не копируется, поэтому последовательность и её модификации приходят одним измерением. - кейс: наборы прямой РНК и расширенные транскриптомные наборы Oxford Nanopore на оборудовании MinION, GridION и PromethION. 2. **Декодирование на уровне тока (сигнал как истина):** - модификации оснований читаются из ионно-токовой кривой, а не выводятся из переписанной копии. - кейс: базколирование, учитывающее модификации, в живом выводе платформы. 3. **Аналитика мониторингового класса (секвенирование как инструмент):** - конвейеры сборки, рассчитанные на полевые условия, превращают поток прочтений в выход мониторинга. - кейс: метагеномная сборка nanoMDBG за океанскими и почвенными программами Genoscope. --- ## Цепочки ценности и производственные конвейеры ### Промышленный конвейер кампании прямой РНК (режим нативной молекулы) ``` ┌───────────────────────────┐ ┌───────────────────────────┐ │ 1. Образец в нативную РНК │ ───> │ 2. Подготовка библиотеки │ └───────────────────────────┘ └───────────────────────────┘ │ ▼ ┌───────────────────────────┐ ┌───────────────────────────┐ │ 4. Живое базколирование │ <─── │ 3. Проточная ячейка │ └───────────────────────────┘ └───────────────────────────┘ │ ▼ ┌───────────────────────────┐ ┌───────────────────────────┐ │ 5. Анализ в реальном │ ───> │ 6. Развёрнутый инсайт │ │ времени │ │ │ └───────────────────────────┘ └───────────────────────────┘ ``` #### Этап 1: Образец в нативную РНК Целая, полноразмерная РНК извлекается из биологического образца без амплификации. #### Этап 2: Подготовка библиотеки Адаптеры лигируются к нативным нитям; обновлённый набор кДНК-ПЦР расширяет маршрут там, где входной РНК мало. #### Этап 3: Проточная ячейка Библиотека загружается на проточную ячейку; нити транслокируются через белковые поры по одной молекуле. Производственная мощность превышает миллион проточных ячеек в год на заводе в Harwell. #### Этап 4: Живое базколирование Ионно-токовые кривые декодируются в последовательность и вызовы модификаций по ходу прочтения; адаптивный отбор с учётом штрихкодов ведёт запуск в полёте. #### Этап 5: Анализ в реальном времени Конвейеры сборки и мониторинга обрабатывают прочтения, пока запуск продолжается; сборка класса nanoMDBG поддерживает экологический мониторинг. #### Этап 6: Развёрнутый инсайт Транскриптомы, карты модификаций и сигналы мониторинга становятся операционным выходом — научными результатами или экологическими оповещениями.